Begraaf de watervreesende resten bij elkaar en zie hoe de energie daalt.
Je krijgt een keten van residuen, sommige hydrofoob (H) en andere niet. Vouw het op het rooster zodat de hydrofobe resten zich clusteren in een begraven kern; elk niet-aangrenzend H-H-paar dat elkaar raakt, verlaagt de energie van de structuur. Bereik de laagste energie om het op te lossen.
Protein Fold is een biochemische puzzel die is gebaseerd op de manier waarop eiwitten zich rond een hydrofobe kern vouwen, het principe dat eiwitten hun vorm geeft.
Een keten van hydrofobe en polaire residuen zo vouwen dat de hydrofobe zich in een kern begraven, waarbij elk niet-naburig H-H-contact punten oplevert, is het HP-roostermodel van eiwitvouwing.
De begraven contacten direct scoren, is de originele vereenvoudiging.
Het is een drastische vereenvoudiging die de essentiële natuurkunde behoudt. Het hydrofobe effect — apolaire groepen die samenklonteren omdat dat de entropie van het omringende water maximaliseert — is de overheersende kracht die een eiwit in vorm drijft, dus een model met bijna niets anders erin levert toch herkenbaar eiwitachtige vouwingen op.
Protein Fold is een biochemische puzzel opgebouwd rond hydrofobe eiwitvouwmodellen. Het is een origineel, gratis browserspel dat intern is gemaakt voor PlayPendium.