Buig een keten van resten over een rooster zodat de hydrofobe eenheden zich in een ondergrondse kern nestelen – en druk de energie tot het bewezen minimum terug.
Een eiwit wordt gemodelleerd als een keten van hydrofobe (H) en polaire (P) residuen op een 2D-rooster. Hydrofobe buren die naast elkaar zitten zonder gebonden te zijn, verlagen de energie. Je doel is om de ketting zo te vouwen dat de H-residuen een compacte kern vormen en je de optimale energie bereikt.
Helixfold is gebouwd op het klassieke hydrofobe-polaire roostermodel van eiwitvouwing, waardoor de zoektocht naar een vouw een puzzel wordt.
Een keten van hydrofobe en polaire residuen op een rooster, waarbij niet-gebonden H-H-contacten de energie verlagen, is het HP-model van eiwitvouwing.
Energie direct scoren in plaats van gelijkenis met een bekende vorm, is de originele aanpak.
Energie is het juiste doel omdat de natuur die minimaliseert. Het hydrofobe effect drijft apolaire residuen naar binnen, en een model dat weinig meer bevat, reproduceert toch de compacte kern die echte eiwitten hebben — en daarom blijft het HP-model bestaan als onderwijs- en onderzoeksinstrument.
Helixfold is gebouwd op het klassieke hydrofobe-polaire roostermodel van eiwitvouwing, waardoor de zoektocht naar een conformatie met minimale energie een tactiele puzzel wordt. Het is een origineel, gratis browserspel met drie kettinglengtes en dagelijkse plus oefenmodi.